השימוש בבוטוקס נפוץ כבר עשרות שנים במגוון תחומים: באורטופדיה, רפואת עיניים, בנוירולוגיה ועוד. החומר עובר עיבוד מעבדתי. מחקרים ובדיקות רבות שהוכיחו את בטיחותו והוא מאושר לשימוש על ידי משרדי הבריאות של יותר משבעים מדינות בעולם, כולל מדינות מערב אירופה וארצות הברית.
הסיכוי לתופעות לוואי במינונים הנמוכים של הטיפול האסתטי נדיר והן כוללות כבדות באזור הראש – החולפת מעצמה תוך פרק זמן קצר, תופעות מזעריות כמו נפיחות מקומית בדקות שלאחר ההזרקה הינן עניין רגיל ובמקרים נדירים יותר עלול להופיע שטף דם מקומי (אלה בדרך כלל נגרמים כתולדה של ההזרקה ואינם תופעת לוואי אמיתיות לחומר)
כאבי ראש שחולפים תוך מספר ימים נדירים עוד יותר.
אמנם טיפולי הבוטוקס הנם טיפולים פשוטים יחסית, אבל חשוב להסתייע ברופא מנוסה בתחום. ביצוע מוצלח של ההליך דורש ידע ודיוק רב מבחינת כמויות החומר ואופן ההזרקה. במידה והטיפול מבוצע בידיו של מטפל בלתי מקצועי עלול הבוטוקס לדלוף לאזורים אחרים ולגרום לצניחת הגבות או העפעפיים או לעיוות פנים מיותר.
הסיכוי לתופעות לוואי שיתרחשו במיקום שונה ממקום ההזרקה נדיר מאוד, כ – 0.01%. טיפולי הזרקות בוטוקס נחשבים לבטוחים ביותר, וראיה לכך הינה השימוש הכלל עולמי בחומר בקרב מיליוני אנשים. הצלחת הבוטוקס בקרב נשים וגברים כאחד, ובשילוב עם עצם היותו בטוח כמעט במאה אחוז, הופכת אותו לאחד מטיפולי האסתטיקה היעלים והמוצלחים ביותר בעולם.